医院始建于1973年1月，前身为“陕西省第二纺织医院”，1988年获批“咸阳市妇产医院”，2008年8月16日整建制划转陕西中医学院管理并按中西医结合医院建设，更名为“陕西中医学院第二附属医院”，2015年更名为“陕西中医药大学第二附属医院”，同时，被国家级高新技术开发区西咸新区管委会批准为“西咸新区中心医院”。医院先后获得“国家卫生部爱婴医院”“陕西省卫生行业文明示范单位”“陕西省首批百姓放心医院”“陕西省卫生系统先进集体”“陕西省诚信医院”等荣誉称号。

医院由秦都院区、西咸院区和西安分院组成，三部分各具特色，共同发展：

秦都院区位于咸阳市渭阳西路5号，占地面积45亩，编制床位656张，设有内科、外科、妇产科、儿科等科室，涵盖临床和医技科室38个。

西咸院区位于西咸新区沣西新城龙台观路831号，占地300亩，于2019年12月18日投入使用，编制床位1000张，设置了77个临床医技科室，设有西咸院区急救中心（西安急救中心陕中二附院120急救站、西咸新区急救中心急救站）、妇产医院、儿童医院、中医药诊疗中心（治未病中心）、临床检验中心、医学影像中心、产前筛查中心、病理诊断中心、消毒供应中心等。

西安分院开设床位50张，以社区医疗为主，突出中西医结合慢病管理特色。

人才兴院，构筑结构合理的人才队伍。医院现有职工2464人，其中，医师852人，护理人员1149人，高级职称282人、硕博士652人。现有全国老中医药专家学术经验继承人2人，省级老中医药专家学术经验继承人17人，陕西省“双链融合”中青年科研创新团队2个、省级中医药中青年科技骨干2人；咸阳市有突出贡献专家2人，咸阳市中青年科技创新领军人才2人，咸阳市科协科技创新智库首批入库专家10人，咸阳市科技创新人才2人，咸阳市科技创新团队5个。

提升内涵，打造诊疗服务优势。医院始终以患者为中心，以质量和安全为核心，诊疗技术日益精进，服务水平不断提升，综合实力显著增强。现有西门子PET-CT、SPECT、3.0T、1.5T核磁共振、西门子256排双源CT、64排螺旋CT、1500mA大型C型臂及数字减影系统、直线加速器、海扶刀、四维超声、心脏超声、腹腔镜、宫腔镜、数字胃肠DR等各类大型医疗设备。医院妇产学科技术领先，年分娩量万余名。儿童医院专业设置齐全，致力于儿童疑难病、危重病、罕见病的诊治及慢性病的治疗和管理。2017年获批咸阳市和西咸新区危重孕妇救治与转诊中心，2019年获批陕西省危重孕产妇和新生儿救治与转诊中心和母婴安全优质服务单位，2020年获批“陕西省儿童早期发展基地”，2024年获批“国家妇幼中医药特色建设单位”，被誉为本地区的“母婴健康保护神”。

中西医结合，提升学专科建设水平。医院现有重点专学科建设项目37个，其中国家临床重点专科（中医专业）1个；国家中医药管理局“十二五”重点学科2个、重点专科3个（建设项目1个，培育项目2个）；国家中医优势专科建设项目4个；国家中西医协同“旗舰”科室（建设项目）3个；国家妇幼中医药特色建设单位1项；国家中管局区域中医（专科）诊疗中心培育项目1个；陕西省中医药管理局重点学科2个、重点专科9个；省级中医专科诊疗中心1个。重点专科和学科分布在心血管病、脑病、糖尿病、血液病、肿瘤、脾胃病、肺病、骨伤、妇产、儿科、重症医学、针灸康复、治未病、中医康复学、介入医学科、病理科、疼痛科、口腔科等重大疑难疾病和社会急需的专业。设有国家级、省级名老中医药专家传承工作室（站）5个，陕西省中医学术流派传承工作室建设项目5个，国医大师张学文教授，国家级师承指导老师殷克敬教授等一批全国著名中医药专家长期坐诊、查房和带教。

科技强院，夯实学术研究实力。医院获批国家药物临床试验机构、国家药物I期临床试验研究中心、国家中医心血管病临床医学研究分中心、陕西省中医药循证中心。建成1500平方米中心实验室，扩建1500平方米制剂室，获批院内制剂36种，5项成果进入秦创原创新平台科技成果项目库。近五年来承担国家自然科学基金、国家科技重大专项、省部级、厅局级等纵向科研项目共247项，其中国家自然科学基金项目5项，国家科技重大专项1项。获科技成果奖励8项，获批专利59项，发表学术论文834篇，主编和参编著作53部。牵头制定颈动脉粥样硬化性疾病中医临床诊疗专家共识、新型冠状病毒肺炎疫情期间加强儿童发热门诊流程的管理指引，参与制定国家标准1项、国家卫生行业标准1项、中华中医药学会团体标准1项。医院先后举办国际性学术交流20余次，连续11年举办了国际医学高峰论坛，实现了医院部分学科及专业与国际的接轨。

立德树人，履行医学教育职能。2013年，成立陕西中医药大学第二临床医学院，建有3400平方米教学区及医学模拟中心，拥有临床教师399人、硕士生导师185人。临床医学专业被列为省级一流专业建设项目，入选教育部“省级一流本科专业建设点”。获批临床医学硕士专业学位授权点、国家中医住院医师规范化培训基地、省级一流课程1门、省级教学成果奖2项、省级教学名师1名。荣获第十届中国大学生医学技术技能大赛西南西北分赛区特等奖、全国总决赛铜奖。